flexboxにおいてiOSで勝手にフォントサイズが変わってしまう現象(おそらくバグ)がある。
その場合、フォントサイズが変わってしまう箇所に以下のCSSを適用する。

text-size-adjust: 100%;
-ms-text-size-adjust: 100%;
-moz-text-size-adjust: 100%;
-webkit-text-size-adjust: 100%;

これで解消される。